Культ Исиды на острове Филе восходит к глубокой древности. Традиция требовала, чтобы по крайней мере раз в год каждый египтянин совершил сюда палом­ничество. Филе — самый малень­кий из трех островов, которыми заканчивается на юге группа скал, образующих первый порог: он име­ет около 400 м в длину и 135 м в ширину.

Монументальный ан­самбль святилища богини нахо­дится на юге острова: древние египтяне верили, что чудодейст­венный, благодатный разлив Нила начинался в этом месте. В 535 г.  н.э. после того, как Юстиниан завершил христианизацию Нубии, епископ Феодор превратил храм в церковь Святого Стефания.

Южная оконечность островка за­нята павильоном Нектанеба I. Это беседка, поддерживаемая четыр­надцатью хатхорическими колон­нами. Нектанебу I  мы обязаны также сооружением первого пи­лона храма Исиды, нижняя часть которого украшена большой ком­позицией, представляющей фара­она Птолемея XIII, приносящего в жертву богам — Хатхор и Хору — пленных врагов.